As doenças gastrointestinais são outra preocupação muito generalizada. Os hidratos de carbono ricos em FODMAP são, muitas vezes, mal absorvidos pelo intestino delgado, acabando por fermentar no intestino grosso. Acabam por dar origem a gases que provocam um grande mal estar. Uma dieta low FODMAP é a solução proposta pela nutrição para combater este incómodo.

Entre outras causas, como o desequilíbrio hormonal, a desregulação do metabolismo da tiroide (hiper ou hipotiroidismo) pode resultar do consumo inadequado de minerais — como o iodo, o cálcio, o ferro e o selénio —, mas também do excesso de peso e da obesidade. Sendo a tiroide fundamental para um correto equilíbrio do metabolismo, quando há um desequilíbrio nos seus níveis, é importante reequilibrar a produção das suas hormonas e, depois, seguir-se um plano nutricional adequado.

São exemplo de doenças autoimunes a psoríase, a artrite reumatoide, o lúpus, a doença de Crohn, o vitiligo e a anemia perniciosa. O consumo excessivo de alimentos pró inflamatórios — como açúcares, farinhas refinadas ou gorduras trans — são um dos catalizadores da principal característica das doenças autoimunes: a perda da capacidade, por parte do sistema imunitário, de distinguir agentes externos daqueles que fazem parte do organismo, atacando-o.

Através da nutrição, é ainda possível resolver patologias derivadas de doenças como a osteoporose, a anemia, a gota ou a insuficiência renal.